Giethoorn werd in de 13e eeuw gesticht door monniken. Zij vonden bij het bewerken van het land veel geitenhorens van de wilde geiten die zijn omgekomen tijdens de St Elizabethsvloed in 1170. De monnniken noemden hun nederzetting Geytenhoren, dat later verbasterde tot Geythorn en Giethoorn.
Giethoorn groeide uit tot een dorpje waar de bewoners leefden van de turfwinning, veehouderij, rietsnijden en visserij. 

Giethoorn staat nu bekend als het Venetië van het Noorden en is inmiddels uitgegroeid tot een prachtig pittoresk dorp in het midden van nationaal park Weerribben-Wieden.